環(huán)境污染治理設(shè)施運營資質(zhì)分為生活污水、工業(yè)廢水、除塵脫硫脫硝、工業(yè)廢氣、工業(yè)固體廢物（不含危險廢物）、有機廢物、生活垃圾、自動連續(xù)監(jiān)測等類別。
自動連續(xù)監(jiān)測設(shè)施運營資質(zhì)分為乙級資質(zhì)和臨時資質(zhì)兩個級別，其他環(huán)境污染治理設(shè)施運營資質(zhì)分為資質(zhì)、乙級資質(zhì)和臨時資質(zhì)三個級別。
第五條 【監(jiān)督管理】 環(huán)境保護(hù)主管部門對環(huán)境污染治理設(shè)施運營實施統(tǒng)一監(jiān)督管理，并對省級環(huán)境保護(hù)主管部門的環(huán)境污染治理設(shè)施運營管理活動進(jìn)行和監(jiān)督。
縣級以上地方環(huán)境保護(hù)主管部門對環(huán)境污染治理設(shè)施運營資質(zhì)持證單位（以下簡稱持證單位）及其運營活動實施監(jiān)督管理。
第六條 【運營培訓(xùn)】 從事環(huán)境污染治理設(shè)施運營的現(xiàn)場管理人員和現(xiàn)場操作人員，應(yīng)當(dāng)按照環(huán)境保護(hù)主管部門的規(guī)定，參加的培訓(xùn)與考核。
環(huán)境保護(hù)主管部門制定統(tǒng)一的環(huán)境污染治理設(shè)施運營現(xiàn)場管理人員和現(xiàn)場操作人員培訓(xùn)、考核規(guī)范。省級環(huán)境保護(hù)主管部門負(fù)責(zé)組織環(huán)境污染治理設(shè)施運營現(xiàn)場管理人員和現(xiàn)場操作人員的培訓(xùn)、考核
【資質(zhì)有效期及其延續(xù)】 環(huán)境污染治理設(shè)施運營資質(zhì)和乙級資質(zhì)有效期為5年，臨時資質(zhì)有效期為2年。
持證單位在環(huán)境污染治理設(shè)施運營資質(zhì)或者乙級資質(zhì)有效期內(nèi)的各年度管理考核中，沒有違反法律法規(guī)或者違反本辦法規(guī)定的行為，可以在資質(zhì)有效期滿前60日內(nèi)，向原發(fā)證機關(guān)申請資質(zhì)延續(xù)，換發(fā)證書。
環(huán)境污染治理設(shè)施運營臨時資質(zhì)有效期滿后自動失效，不予延續(xù)。具備相應(yīng)條件的，臨時資質(zhì)持證單位可以按照本辦法第七條、第八條的規(guī)定，申請乙級資質(zhì)或者資質(zhì)。

運營管理
第十七條【運營要求】 持證單位可以按照環(huán)境污染治理設(shè)施運營資質(zhì)證書規(guī)定的類別，在全國范圍內(nèi)承接環(huán)境污染治理設(shè)施運營業(yè)務(wù)。
第十八條【技術(shù)評估】 持證單位接受環(huán)境污染治理設(shè)施委托運營前，應(yīng)當(dāng)對該設(shè)施是否具備穩(wěn)定運行和達(dá)標(biāo)排放的必要條件進(jìn)行技術(shù)評估，并以此作為簽訂委托服務(wù)合同的依據(jù)。
第十九條【委托運營合同】 持證單位從事環(huán)境污染治理設(shè)施運營活動，應(yīng)當(dāng)與委托單位簽訂委托運營合同，明確雙方的權(quán)利和義務(wù)。
持證單位應(yīng)當(dāng)在委托運營合同簽訂后30日內(nèi)，填寫環(huán)境污染治理設(shè)施委托運營項目備案表，報設(shè)施所在地縣級環(huán)境保護(hù)主管部門備案。
第二十條【對持證單位要求】 持證單位應(yīng)當(dāng)依照委托運營合同的約定和國家有關(guān)環(huán)境保護(hù)的規(guī)定，保證環(huán)境污染治理設(shè)施正常運行，確保排放的污染物符合國家和地方規(guī)定的污染物排放標(biāo)準(zhǔn)，防止產(chǎn)生環(huán)境污染。
第二十一條【年度評估】 持證單位應(yīng)當(dāng)在每年12月31日前對所運營的環(huán)境污染治理設(shè)施運行狀況、設(shè)施完好情況、污染物排放達(dá)標(biāo)情況、二次污染防治情況、設(shè)施運行中存在的問題及其整改方案等進(jìn)行年度評估，并填寫環(huán)境污染治理設(shè)施運營情況年度報告表。
第二十二條【運行考核】 省級環(huán)境保護(hù)主管部門負(fù)責(zé)對在本行政區(qū)域內(nèi)登記的持證單位及其運行的環(huán)境污染治理設(shè)施項目情況進(jìn)行年度管理考核。

【資質(zhì)變更】 持證單位分立、合并，或者變更法人名稱、法定代表人、登記地址等事項的，應(yīng)當(dāng)在領(lǐng)取新營業(yè)執(zhí)照或者新事業(yè)單位法人證書后30日內(nèi)，向原發(fā)證機關(guān)申請辦理變更手續(xù)，填寫環(huán)境污染治理設(shè)施運營資質(zhì)證書變更申請表，并提交下列材料：
（一）變更后工商行政管理部門頒發(fā)的營業(yè)執(zhí)照復(fù)印件或者事業(yè)單位登記管理機關(guān)頒發(fā)的事業(yè)單位法人證書復(fù)印件；
（二）原發(fā)證機關(guān)頒發(fā)的環(huán)境污染治理設(shè)施運營資質(zhì)證書正、副本；
（三）單位發(fā)生分立、合并的，還應(yīng)當(dāng)提供技術(shù)人員技術(shù)書復(fù)印件、現(xiàn)場操作人員崗位培訓(xùn)證書復(fù)印件和聘用合同復(fù)印件。

【資質(zhì)重新申請】 有下列情形之一的，持證單位應(yīng)當(dāng)按照本辦法規(guī)定的條件和程序,向原發(fā)證機關(guān)重新申請環(huán)境污染治理設(shè)施運營資質(zhì)：
（一）增加新的運營類別的；
（二）臨時資質(zhì)升級為資質(zhì)或者乙級資質(zhì)的；
（三）乙級資質(zhì)升級為資質(zhì)的；
（四）資質(zhì)有效期滿而未獲延續(xù)的。
環(huán)境污染治理設(shè)施運營臨時資質(zhì)有效期滿，不符合升級為資質(zhì)或者乙級資質(zhì)條件的，2年內(nèi)不得重新申請同類別的臨時資質(zhì)。
持證單位應(yīng)當(dāng)在每年1月底前，向本單位登記地的省級環(huán)境保護(hù)主管部門提交上一年度環(huán)境污染治理設(shè)施運營情況年度報告表。在單位登記地省級行政區(qū)域外有運營項目的，持證單位應(yīng)當(dāng)同時將環(huán)境污染治理設(shè)施運營項目年度報告表抄報項目所在地省級環(huán)境保護(hù)主管部門。
省級環(huán)境保護(hù)主管部門應(yīng)當(dāng)根據(jù)環(huán)境污染治理設(shè)施運營情況年度報告表和日常監(jiān)督管理與現(xiàn)場檢查情況對持證單位做出考核結(jié)論，于每年3月底前將持證單位的環(huán)境污染治理設(shè)施運營狀況和考核情況上報環(huán)境保護(hù)主管部門備案，并予以公告。
第二十三條【事故應(yīng)急】 持證單位應(yīng)當(dāng)協(xié)同委托單位，依照《中華共和國突發(fā)事件應(yīng)對法》等有關(guān)規(guī)定，做好突發(fā)環(huán)境事件的應(yīng)急準(zhǔn)備、應(yīng)急處置和事后恢復(fù)等工作。